本发明提出了中医临床辅助辨证模型的建立方法及系统，在基于编码解码框架的中医临床辅助辨证模型的方法中，首先使用Fast‑Text语言模型对中医临床文本数据做了数据表征，再基于编码解码框架在编码层使用双向门控循环单元，在解码层使用单向门控循环单元生成中医临床辅助诊断的结果。本发明将中医临床文本的多标签分类任务从另一个视角进行处理，转换成了中医临床文本的标签序列生成任务。采用生成方法处理多标签分类问题，将证候要素作为文本生成模型的最小语义单位进行诊断结果生成，可以解决传统的多标签分类方法无法预测未见证候描述的问题。