本发明涉及灭菌装置，为了提高灭菌效率，提供了一种菌种灭菌装置，包括上端开口的灭菌箱，多件置物盘，用以遮盖置物盘的盖板，设于置物盘内底壁的分隔筒，用以支撑置物盘的支架，以及设于灭菌箱内的分离装置；置物盘底壁开设有通孔；分离装置包括同时穿设于多件通孔的支撑杆，滑动套设于支撑杆外壁的套管，多件滑动套设于套管外壁的套筒，固定设于套筒外壁的支撑板，多件沿竖直方向开设于套管外壁的第一滑槽，设于套筒内壁的滑块；一滑块滑动设于一第一滑槽，第一滑槽的长度从上到下依次增加，分隔筒沿水平方向的截面为长方形。本发明的菌种灭菌装置，不仅能够更加高效地升温，具有更好地灭菌效果，并且还能够很好地放置在转移过程中发生污染。