本实用新型公开了一种发酵菌株保存装置，包括存储罐，所述存储罐的顶部设置有顶环，顶环的底部设置有取样装置，所述取样罐的内部设置有清理装置，该发酵菌株保存装置，设置清理装置和取样装置，通过设置的活动杆、连接杆，活动杆的一端通过转动与连接杆内的螺纹槽螺纹连接，便于拆卸安装清洁杆部件，通过取样装置中设置的转盘和转盘底部设置的取样杆和取样勺，转动顶环，顶环通过正螺纹与存储罐内的反螺纹，带动转盘闭合存储罐，通过取样杆和取样勺对存储罐内部的菌株进行取样，通过转盘底部设置的螺纹套，转动转盘，转盘底部的螺纹套螺纹卡入转杆内部并带动转杆转动，转杆带动清洁杆和清洁刷转动清理存储罐，转盘通过外设的转环在转槽内转动。